Sông Dnepr là quan trọng đối với vận tải và kinh tế của Ukraina. Tất cả các hồ chứa nước nhân tạo trên sông đều có các cửa âu thuyền lớn, cho phép tàu bè có kích thước tới 270×18 mét có thể đi tới cảng Kiev và vì thế tạo ra một hành lang vận tải hoàn hảo. Các tàu khách cũng chạy trên sông này. Các chuyến tàu nội địa trên sông Danube và sông Dnepr có một thị trường đang tăng trưởng trong những thập kỷ gần đây.

Ngược dòng từ Kiev thì sông Dnepr nhận nước của sông Pripjat. Con sông có thể cho tàu bè qua lại này nối liền với kênh đào Dnepr-Bug, là đường liên kết với con sông ở Ba Lan là sông Tây Bug. Trong quá khứ việc nối liền với các tuyến đường thủy Tây Âu là có thể, nhưng đập nước không có âu thuyền gần thành phố Brest đã làm gián đoạn đường thủy quốc tế này. Quan hệ quốc tế giữa Tây Âu và Belarus đã không cho phép có nhiều hy vọng về sự tái mở cửa đường vận tải nội địa trực tiếp này trong thời gian gần đây (xem thêm tại NoorderSoft Waterways Database).